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UR협상타결 및 WTO체제출범에 따른 농어업의 경쟁력강화와 농어촌산업기반시설의 확충 및 농어촌지역개발사업을 위하여 필요한 재원을 확보할 목적으로 제정된 한시적 법률로서 국세이며 부가세(sur-tax)적 성격을 갖는다. 농어촌특별세는 부동산과 관련하여 취득세의 10%, 등록세를 감면받을 때 감면세액의 20%, 종합토지세액이 500만 원을 초과하는 경우 10%와 15%의 2단계 초과누진세율을 적용하며, 양도소득세 감면 받을 때 감면세액의 20%를 부가세로 부가한다. 따라서 농어촌특별세는 취득ㆍ보유ㆍ양도와 관련된 조세이다. 다만, 농가주택 및 국민주택 이하의 취득에 대한 취득세에 대해서는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.
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